La clip è stata realizzata dal regista Duccio Forzano che si è occupato di alcune edizioni del Festival di Sanremo, incluse quelle condotte da Claudio Baglioni.
Il protagonista indiscusso del video di Io non sono lì è proprio il cantautore romano.
Claudio Baglioni è solo e viene ripreso in diverse situazioni: ad esempio, mentre suona la chitarra sul divano oppure mentre si versa del caffè in una tazza. Inoltre, appare con differenti look, a volte elegante e altre volte casual. In alcuni momenti, infatti, indossa giacca e cravatta; in altri, giubbotto di pelle.
Io non sono lì viene proposto dopo Gli anni più belli, il brano che il cantante ha scritto per l'omonimo film di Gabriele Muccino.